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发信人: RUOYE (心在网络中失落), 信区: CST
标  题: Internet网上的免费分子生物学软件
发信站: BBS 荔园晨风站 (Sun Sep 17 12:59:47 2000), 转信

5. RNA分析

5.1 RNA Draw 最新版本号为1.1b2,RNA二级结构分析软件,对RNA一级序列进行二
级结构分析作图,最有意思的是大部分功能集中在鼠标右键。下载站点为:http:
//mango.mef.ki.se/~ole/rnadraw/rnadraw.html。目前已经有汉化版,下载网址
:hoyoyo生化软件下载专区(http://www.nease.net/~hoyoyo/www/bcmsoft.htm)。
在我的站点提供了汉化版下载链接:免费生物化学软件天地(http://biosoft.
yeah.net)。
5.2 RNAstructure 输入或载入RNA的一级序列,根据最小自由能原理,依据一定算法
,预测出其二级结构图,并将图形输出到窗口,让你轻松得到漂亮的二级结构图形
。是非常出色的一个程序。最新版本:3.2.1,下载站点:http://rna.chem.
rochester.edu/RNAstructure.html。

6. 序列编辑分析与格式转换

6.1 SeqPup    SeqPup是生物分子序列编辑与分析软件。功能包括多序列比较、单
序列编辑、各种序列格式文件读取与将序列输入到不同的序列格式文件、序列整理
打印(可加框与阴影,加标记等)、序列编辑、互补序列、DNA翻译到蛋白质序列
或蛋白质序列翻译到DNA。它还可以外挂其他分析软件,例如ClustalW等,可自己
定义外观应用软件。目前的版本为0.8,用Java语言写成,需要Java运行环境,在
http://www.javasoft.com/products/jdk/1.1/jre/download-jre-windows.html下
载Java运行环境。 SeqPup的站点为:http://iubio.bio.indiana.
edu/IUBio-Software+Data/molbio/seqpup/java/seqpup-doc.html。
6.2 ForCon     蛋白质与核酸序列格式并无统一标准,不同的数据库与不同的程
序又定义了不同的格式,因此,序列格式转换程序悄然出现,ForCon 1.0便是一个
出色代表。它是一个核酸与蛋白质不同序列格式文件的转换软件,可双向转换各种
常见的多序列格式文件。ForCon 1.0支持连续序列形式与隔行序列形式,也可互相
转换。下载站点为:http://bioc-www.uia.ac.be/u/jraes/。
6.3 SeqVerter    SeqVerter也是一个序列格式转换软件,它可以同时打开多个序
列文件、查看序列、选择序列的一部分进行格式转换、将来自不同文件的序列并入
一个多序列文件以及将序列从一个多序列文件中分成不同单序列文件。最新版本号
为1.3,下载网站:http://www.genestudio.com。

7. 多序列比较

7.1 Clustal W     Clustal W用来对核酸与蛋白质序列进行多序列比较(
multiple sequence alignment)的软件。在ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.
fr/pub/ClustalW 提供下载,目前的版本为1.8。在ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.
fr/pub/ClustalX/提供了Clustal X,为Clustal W的窗口式使用界面,方便大家的
使用操作,最新版本为1.8。下载时应注意,它含有多种操作系统的版本,不要弄
错。在http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalW/ 有一个在线使用手册
,在使用过程中有什么问题,可以在此获得帮助。
7.2 MACAW      通过实施基因组计划,得到了大量的蛋白质序列与DNA序列数据,
这样一些片段常常有类似的分子结构与生物特性。但是,用人工的方法不可能完成
如此大量的比较工作。运用统计学方法,利用一定的运算规则,使用计算机来查找
这些片段是唯一的方法。MACAW 2.05正是这样的一个程序。下载站点:ftp:
//ncbi.nlm.nih.gov/pub/macaw/。
7.3 GeneDoc    GeneDoc帮助研究人员进行多序列比较,并可以以各种方式标记序
列,生成发表质量的输出报告。GeneDoc还能进行相关的分析,让你对研究的序列
了解更多。最新版本号:2.0.1,下载站点:http://www.cris.
com/~ketchup/genedoc.shtml


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※ 来源:·BBS 荔园晨风站 bbs.szu.edu.cn·[FROM: 192.168.39.224]


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