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发信人: RUOYE (心在网络中失落), 信区: CST
标 题: Internet网上的免费分子生物学软件
发信站: BBS 荔园晨风站 (Sun Sep 17 13:02:43 2000), 转信
8. 进化树生成与分析
8.1 PHYLIP PHYLIP用来进行进化树分析。它可以分析DNA与蛋白质序列，限制
酶位点等，并可绘制进化树。程序含有许多选项可以精确控制与分析。目前的版本
为3..572。网站地址为： http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.
html 。
8.2 TreeView Tree View是用来生成与打印进化树的软件，它可以读取NEXUS与
PHYLIP生成的进化树格式文件，生成进化树,并输出到打印机。最新版本为：1.5,
下载站点为：http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html 。
9. 同源序列检索
9.1 FASTA FASTA将一条序列与另一条序列进行比较或在数据库中查找同源序
列并输出，在Internet上有许多的在线FASTA查找服务，也可下载后离线使用。版
本号：3.2t05。下载站点：ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/dos/
9.2 BLAST 在一个庞大的数据库中查找某一个序列的同源性序列，没有BLAST
的帮助可以说无法想象。目前在Internet网上有许多在线的Blast查找程序，专门
用于查找各大数据库中与用户提交的序列同源的序列。分成五个不同的程序，分别
为：blastp(提交蛋白质序列，在蛋白质序列数据库中查序列)、blastn(提交核酸
序列，在核酸序列数据库中查找同源序列) blastx(提交核酸序列，在蛋白质序列
数据库中查找同源序列)、tblastn (提交蛋白质序列，在核酸序列数据库中查找同
源序列)、tblastx(提交核酸序列，在核酸序列数据库中查找同源序列)。通常通过
在线方式或Email方式提交查询序列，得到查询结果。如果需要在本地使用的话，
可以下载BLAST程序与相应数据库，便能在本地使用了。网址：http://www.ncbi.
nlm.nih.gov/BLAST/。下载网址：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables。
注意有应用于不同操作平台的好几个版本，最新版本号为2.0。
9.3 Octopus Octopus是用来分析BLAST与FASTA输出结果的程序，是BLAST与
FASTA的补充程序，可以进行相关的各种分析。下载网址：http://www.lmcp.
jussieu.fr/~durand/HtmlDoc/software/octopus/octo_main.html。
9.4 FASTA/BLAST Scan FASTA/BLAST Scan是一个补充程序，用来对FASTA与
BLAST查询输出的文件进行处理，并以Pearson 格式输出序列文件，便于使用其它
分析软件分析检索出的序列。是一个很好的小帮手。版本号：3.5，下载网址：
http://pcgen018.molinette.unito.it/programs/。
10. 其它有关程序
10.1 ELISA标准曲线拟合程序 除了ELISA标准曲线拟合外，各种实验数据，都
可以用CurveExpert进行分析。它使用非常方便，并且可以生成漂亮的曲线应用到
论文之中。最新版本：1.3。下载地址：http://www.ebicom.net/~dhyams/cvxpt.
htm 。
10.2 Image Tool Image Tool 是一个免费的科学用途的图像处理与分析软件
，可以显示、编辑、分析、处理、压缩、打印灰度图形或彩色图形。可打开超过
22中图像格式。在生物领域，它的用途便是各种胶图的分析了。只要有扫描仪，便
能利用该软件完成胶图的各种处理，包括注释、透光率扫描等工作。最新版本：
2.0 beta。下载网址：http://ddsdx.uthscsa.edu/dig/itdesc.html。
以上软件均可在文章中注明的站点下载，也可以在我的个人网站——免费生物化学
软件天地(http://biosoft.yeah.net）下载。我的站点将不断推出我获得与查找到
的最新分子生物学免费软件，另外还提供了我所撰写整理的大量各种免费软件的中
文使用说明，对大家，肯定会有很大帮助。我的Email地址为：
tanjie@earthling.net ，大家有任何问题与建议，请与我联系。
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