在古代，人们缺乏科学常识，无法解释这种神奇的现象。于是运用迷信思想对此进行解释，以为孔子是一位圣人，上天不想让孔子的族人墓地群受到任何的打扰，所以就连乌鸦这种不吉祥的鸟类也无法靠近，而蛇也远远地躲开。
随着时代科学的进步，考古学者运用先进的仪器探测，发现这个地方之所以千百年来乌鸦不栖、蛇类远避，就是因为孔林修建的时候采用了大量的硫磺以及朱砂，尤其是硫磺具有十分刺激性的味道，蛇类闻到这种气味就会感到异常恐惧，这个就是蛇类远离孔林的主要原因。
至于乌鸦为什么也不会在此停留，就是因为孔林四周所种植的基本上都是绘柏树，这种树木上的味道也是乌鸦非常不喜欢的味道，所以乌鸦也不会在孔林的墓地中停留片刻。相信在修建孔林的时候，匠人以及管理者已经做好了细致的谋划，他们这样安排就是为了让孔林保持神圣的地位，不被任何其他外物所干扰。
不过这么庞大的家族墓地群，却并不埋葬着从古至今全部的孔祖孔子后人，一些品德较为低劣、行为不端者是没有资格长眠于此地的。另外，出嫁的女子也不会安葬于孔氏家族墓地群。夫妻合葬却经常是有的，在整个孔林埋葬着孔氏族人二十多万人，这是一个令人惊讶的庞大数字。
孔氏家族代代有人，孔子后人生生不息。遥想2000多年，孔子带着自己的学说与政治理想去游说诸国，但是没有人接纳他的理想，他是一个穷愁孤独、无人理解的人。他无法实现自己的远大志向，在他死亡的时候也孤单凄凉。然而孔氏墓地群却是如此庞大，不知道孔子活着有没有想到这一点呢？
山东曲阜由于埋葬着孔子以及孔氏家族后人被大家称为东方圣城，这位伟大的圣人受到了所有中国人的尊重与敬爱。孔子已经去世2000多年了，可是在人们的心中，孔子永远活着，他的精神人格、学问道德永远值得后人去研究、学习。如果没有孔子，中国的历史就会变成另外一种模样，孔子在中国历史上的地位是无人能及的，孔子的学问世世代代永远流传。
