苻坚用王猛，灭了前燕慕容氏，再次统一北方（西北、北方还有一些割据势力，这里的北方主要指的是关中、幽州、并州、中原、青州等地）。苻坚灭前燕后，又经过十几年发展，决心南下攻灭东晋，以完成统一天下的夙愿。
最后，苻坚兵败淝水，前秦也陷入分裂，主要有四方势力后燕慕容垂、后秦姚苌、前秦苻丕（苻坚儿子）、西燕慕容泓慕容冲。
苻丕没有坚持多久就败亡，侄子苻登继位为帝，他痛恨姚苌杀了苻坚，一直盯着后秦打。后燕、西燕为了争夺慕容氏正统，也是彼此开战。北方四方势力，俩俩交手，却给鲜卑拓跋氏的崛起，提供了有利条件。
拓跋氏左右逢源，先交好后燕，攻伐西燕。待后燕灭掉西燕，慕容氏能腾出手处理拓跋氏，拓跋氏转而交好后秦，期望后秦能牵制后燕。就这样彼此牵制中，拓跋氏一步步做大，首领拓跋珪将祖先建立的代国，改为魏国，也就是我们熟悉的北魏。
等到慕容垂病死，拓跋珪趁机南下，攻灭后燕，占据了河北。慕容德率领一部分后燕残余势力，跑到青州苟延残喘，仍以燕为国号，史称南燕。自此十六国势力中仅有后秦、南燕（仍是指中原主要势力，还有赫连夏，影响不大，故不在这里介绍了）。
这时候南方的东晋也结束内乱，出身北府军的刘裕开始执掌东晋大权。他先后组织两次北伐，第一次灭掉南燕，第二次则灭了后秦，算是替偏安江南的东晋，出了口恶气。待刘裕代晋建宋，北方也仅剩下个拓跋魏，两晋十六国时代结束，我们熟悉的南北朝到了。
