第二次庭审时，钱凤览让犯人指认宫中旧人旧事，太子都能对答如流。但此案却突然因为一个人而出现了转折，当时有个姓杨的太监也在被指认的行列，太子认出他说：“这是杨太监，一直侍奉我，问他便知。”没想到这位姓杨的太监却改口说：“我姓张，不姓杨，先前侍奉太子的人不是我。”意思就是说太子是假的。
然后众人又叫十个原侍卫太子的锦衣卫侍卫辨认，十人又一齐跪下说是真太子。钱凤览只得请公主来辨认，公主见到太子后，立马泪下，手足情深，哭个不停，此消息一出轰动京城，围观的百姓都说这是真太子。庭审到了这个地步，但刑部还是不敢裁决，所以最后只能交由摄政王多尔衮定夺了，于是就有了第三次也是最后一次庭审。
顺治二年（公元1645年）二月初二，摄政王多尔衮亲自庭审并对群臣说：“你们争辩太子是真是假是什么意思？我自有着落。”结果到次年四月十日，清廷公开宣布，太子是假的，而且不久便死于太医院（其实是被处死在狱中），将太子一案了断。不仅如此，多尔衮为了不留痕迹，后来更是将把参与此案的十多名官员全部斩首了。
以上就是明末“北太子案”的经过，在沙场政坛摸爬滚打出来的摄政王多尔衮敏锐地觉察到了案件的关键所在：当时大明虽亡，但南明尚存很大的地盘，万一有人利用真太子“反清复明”，后果将是不堪设想，所以就没有必要去辨认太子真假，直接将其当成“假太子”处决就可以了。
真太子被当成“假太子”杀害，但多尔衮又不愿意留下骂名，这或许便是《明史》中没有明确记载崇祯太子下落的原因吧。
参考资料：抱阳生《甲申朝事小纪》、《明史》等
