蒙古首次攻夏，时间短（仅一个月）、进军路线单一、远离西夏腹地，纵深千里，饱载即还，为第二年蒙古帝国初建奠定了一定的物质基础。1206年初春，铁木真在斡难河即大汗位，尊号成吉思汗。而同年李安全也废掉了李纯祐成为新一代西夏皇帝。1207年秋，成吉思汗借口西夏不纳贡和李安全废主自立，派兵第二次入侵西夏，目标直指西夏北方要塞兀剌海城，冬季破城并在此驻兵，四出掳掠，五个月后因为粮尽和李安全集结优势兵力造成的威胁，蒙古军于1208年春班师回国。
蒙古军的这次行动相比第一次攻夏战争更具意义，因为他们开辟了新的进军路线，兀剌海城一旦攻占，似乎直指西夏都城的道路就被打开了。这就是在1209年、1218年、1226年的三次战争中，成吉思汗仍然以此路线为主攻方向的原因，它带给西夏的威胁更直接。
关于这第二次入侵，大多数史书都称成吉思汗随军亲往。然而，在1208年乃蛮屈出律和蔑儿乞脱黑脱阿的力量被击败之前，成吉思汗可能还没必要亲自南行，就像《西夏书事》载1217年末（《元史》称1218年初）西征前夕他亲自围攻中兴府，但根据《蒙古秘史》①，远征花剌子模优先于伐夏，成吉思汗没有亲征的必要，而且蒙古军“渡河（应指黄河）来攻”，只能是来自东边木华黎军。本年冬，蒙古军追杀蔑儿乞部到额尔齐斯河，脱黑脱阿中箭而死，屈出律逃往西辽。
蒙古军从兀剌海会师后，同年五月（《大金国志》）或十月（《金史》），可能是因为蒙古军屯兵边境，西夏遣使求援于金朝，但却得到了金帝完颜璟“敌人相攻，中国之福，吾何患焉？”的回复。这里有个小细节需要考证，《西夏书事》把金廷的这句回复放在了次年蒙古军围中兴府时期，皇帝也变成了完颜永济。吴广成的《西夏书事》是清代的著作，虽然具有很高价值但也需要找宋元史书进行对照才更合适，这里就是他玩的一个春秋笔法，《大金国志》里说出这句话的明明是1208年在位的金章宗完颜璟②，而且也与《金史》的记载相符③。
在这里要为金卫绍王完颜永济正名，人家虽然被《金史》评价“柔弱鲜智能”，可也不能把所有短视的行为都算到他头上吧④？金廷本来就对篡位的李安全态度冷漠，虽然夏使仍照常至金贺正旦、天寿节，但金朝却在1207年后终止遣使至夏贺生日，经济上也取消了对西夏之赐，外交上也降低了对使者的接待规格，间接地表明对李安全的不认可。虽然李安全怨恨金朝不援助自己，但也没有通过劫掠金朝来弥补自己被蒙古劫掠的损失，1207年秋七月遣使至金赎人口，金朝“尽数放还”，1208年冬十月，也遣使贺金天寿节，总算进一步维持了夏金之间的和睦关系。
1209年春，畏吾儿国归顺蒙古。在此之前，金臣李藻、午逢辰、白纶、田广明面对蒙古的威胁，上书劝北伐，但遭到了完颜璟的反对，各杖一百。于是四人携带家眷北逃至蒙古，极力劝说成吉思汗攻打金朝。这与成吉思汗的想法不谋而合，但是在对抗强大的金朝之前，他必须先有效地削弱西夏，避免其从侧后发动的进攻，为拆散金夏联盟，保障攻金的顺利，成吉思汗终于亲率大军第三次攻打西夏。这场远征中蒙古军的兵力史无明文，虽然《蒙古秘史》称1206年建国时分封九十五千户，但是首先在统一战争时期蒙古人就有大量伤亡，很多的千户在分封时并不满千，秘史的九十五千户实际上是一个杂凑起来的功臣表，有许多错误并列的地方，《元史》中的六十五千户可能更接近史实。不用夸大畏吾儿的援助，在征西辽时他们仅提供了三百人，而规模更大的西征花剌子模时，畏吾儿的兵力是一万人，哈剌鲁六千人。因此这时的蒙古军最多七万人。
