忽必烈到达金莲川，形成了一个号称“金莲川幕府”的谋臣侍从集团，对忽必烈总领漠南乃至后来缔造大元帝囯，产生深远的影响。
幕府侍臣中聚集了刘秉忠、赵璧、王鹗等一大批中州精英，大略分为以刘秉忠为首的邢州术数群;以窦默、姚枢、许衡三人为首的理学派;以金末状元王鹗为领袖的金源文学派，有著名的徐世隆、宋子贞等人;以善于理财的郝经、赵璧为首的经邦理财群。
同时还有吐蕃撒加派高僧八思巴、禅宗僧人海云、道教萧公弼道长等等。
忽必烈身边还有一伙军事人才，所谓的王府宿卫，如廉希宪，董文用兄弟、阿里海牙、文武才兼备的商挺等人杰。
忽必烈十分注重与汉地世侯的关系，又依托木华黎之孙霸突鲁、弘吉剌斡陈驸马、纳陈驸马兄弟等人的实力。
忽必烈受命总领漠南，忽必烈原打算选择回鹘（畏兀儿）为驻扎地，木华黎之孙霸突鲁劝曰：“幽燕之地，龙蟠虎踞，形势雄伟，南控江淮，北连朔漠，且天子必居中以受四方朝觐。大王果欲经营天下，驻跸之地，非燕不可。”霸突鲁的话恰恰是祖孙三代经营汉地得出的经验。
忽必烈开始选择回鹘地，主要原因该地是突厥后裔居栖地，从风俗习惯上与蒙古人接近;而“幽燕之地”，辽、金两朝一直是国都和政治文化经济中心，木华黎受命经营汉地和燕京行断事官设立后，该地很快成为蒙古国在汉地的大本营。
忽必烈听了霸突鲁劝其驻扎幽燕更有利于经营漠南，就放弃了回鹘与蒙古草原游牧民的亲和性，以经营天下的目光选择了靠近幽燕地区的金莲川。
金莲川幕府中大部分人习惯于城居，难以适应“居穹庐，无城壁栋宇，迁就水草无常”的草原游牧生活方式，为了解决这个生活问题，忽必烈翻新了原金朝的抚州城，以汉人赵炳为抚州长官，“城邑规制，为之一新”。
三、营造开平城
公元1256年，忽必烈命令刘秉忠占卜选择了金桓州东、滦河北之龙岗，修筑开平城，作为在漠南的固定驻所，命名开平府，后来升为上都。
开平，北连朔漠，南控中原，地理上很适合于忽必烈总领漠南的政治军事需要。
金莲川幕府的形成，增加了蒙古贵族与汉族士人的沟通，又密切了与汉地世侯的关系，这些人“布列台阁，分任岳牧”，被忽必烈派到蒙古统治下的汉地任职，为将来忽必烈当上皇帝打下基础。
忽必烈在金莲川的一些举动，引起他的兄长蒙哥汗的怀疑，也侵犯了蒙古贵族的利益，有人告发忽必烈及其幕府人员偷用国库钱财和擅收税赋，树立自己的势力。于是，蒙哥汗解除了忽必烈的兵权，并且派出亲信阿蓝答儿、脱因、刘太平等人到陕西、河南等地大规模钩考京兆、河南财赋钱谷出入，调查忽必烈的“不法”行为，罗织罪名，打击忽必烈幕府人员。
忽必烈手下赵璧、廉希宪、商挺等人都受到追查。
忽必烈面对这一局面，又气愤又委屈，召集亲信商讨对策，姚枢建议:一定要克制冷静，才不会让矛盾激化:“帝，君也，兄也。吾，弟且臣。事难与较，远将受祸！”先让忽必烈把老婆孩子送到蒙哥处做人质，缓解一下矛盾，继而忽必烈亲自去和林觐见蒙哥解释，交出了河南、陕西等地的全部权力，撤回幕府人员，蒙哥才罢休。
忽必烈被解除总领漠南军国重事权力，似乎对忽必烈打击不小，也让他更坚定地积累实力，等待时机。
但“祸兮，福之所倚;福兮，祸之所伏。”后来蒙哥汗亲征川蜀，猝死钓鱼城，给忽必烈东山再起带来曙光。
忽必烈正是凭借金莲川幕府臣僚以及东道诸王、木华黎五投下以及汉族世族，在与其弟阿里不孙角逐蒙古汗位时胜出，开启了忽必烈时代。
