对墨家思想，《吕氏春秋》赞同其“节葬”的主张，批驳其“非攻”的思想。它说：“夫攻伐之事，未有不攻无道而伐不义也。攻无道而伐不义，则福莫大焉，黔首利莫厚焉。禁之者，是息有道而伐有义也，是务汤武之事，而遂桀纣之过也。”吕氏是主张兴正义战争，用正义战争统一全国的。他认为“义兵至，则邻国之民，归之若流水，……望之若父母，行地滋远，得民滋众，兵不接刃，而民服若化”。
《吕氏春秋》对墨家思想进行改造，使之兵家化了。秦统治者恰恰在这一点上，与吕氏的认识是完全吻合的。如秦始皇统一全国后，令人议帝号时就说：“寡人以眇眇之身，兴兵诛暴乱。赖宗庙之灵，六王咸伏其辜，天下大定。”李斯亦说：“陛下兴义兵，诛残贼，平定天下。……自上古以来未尝有，五帝所不及。”秦代的一些铭文刻石中也多用“平定天下”、“黔首大安”之类的词语来颂扬秦之统一。可见，秦统治者对统一战争的认识与吕氏的认识是一致的，其实吕氏本身就曾是统一战争的重要组织者、指挥者之一。难怪连“义兵”、“诛暴乱”、“伐无道”、“民服若化”、“黔首大安”之类词句都何其相似乃而。
《吕氏春秋》受阴阳五行家影响很深。阴阳五行学说最著名的代表人物是邹衍。其哲学思想主要有三点，一是阴阳消长，四时更替；二是天瑞天谴说；二是“五德终始”说。《吕氏春秋》对其思想进行了批判吸收。书中有“十二纪”以阴阳二气消长来解释四时季节变化，以五行相胜论述黄帝、禹、汤、文王之兴替，以五行、五方、五色、五音、五祀等说明政令要适应时令，把季节、生产、政事、祭祀、生活等放在阴阳五行的理论框架之中。秦朝统治者几乎完全接受了吕氏的理论，也着重取阴阳家的“五德终始”和四时变化之说。《史记·封禅书》中这样说：“秦始皇既并天下而帝，或曰：‘黄帝得土德，黄龙地螾见。夏得木德，青龙止于郊，草木畅茂。殷得金德，银自山溢，周得火德，有赤乌之符。今秦变周，水德之时。昔秦文公出猎，获黑龙，此其水德之瑞？”于是，秦更命河曰“德水”，以冬十月为年首，色上黑，度以六为名，音上大吕，事统上法。
因为秦始皇讨厌吕不韦，所以他不提吕氏影响，而将此事说成是齐人奏之。但是，其中关于黄帝，禹、汤周文的五德转移、以月令配政事思想，毕竟与《吕氏春秋》如出一辙。
在认识论和社会历史观方面，《吕氏春秋》的观点基本上与法家相一致。它认为人的认识是后天的，要取得正确的认识，必须去掉主观偏见，这与韩非注重“参验”的唯物主义认识论是相通的。它认为人的认识应随着客观情况的变化而变化。它用“刻舟求剑”的寓言来讽刺那些不顾情况变化而抱守陈见的人，也与韩非子的“守株待兔”惊人地相似。它认为历史是不断发展变化的。政策、法律也要因之变化。“无法则乱，守法而弗变则悖；恃乱不可以持国。世易时移，变法宜也。”这与《韩非子·五蠹》中“不期修古，不法常可，论世之事，因为有备”的见解可谓异曲同工。而其“身定、国定、天下治，必贤人”的英雄史观也与韩非子如出一辙。这些主张自然为秦始皇所崇信，因与法家一致，这里不必多论。
秦统治者毕竟不是思想家，他们探索统治思想只是从现实的政治利益出发的，而不是追求体系的完整。而《吕氏春秋》是思想家的作品，更为博大精深。例如吕氏对道家思想较为推崇，特别吸收了它的宇宙观，认为：“万物所处，造于太一，化为阴阳”。“太一”乃“道”，也就是无声无色，看不见摸不着，但却是充满天地、覆盖宇宙的“精气”。它是宇宙的本源，万物都是它派生出来的，由阴阳二气变化而成的。这是一种唯物主义的宇宙观，是我国古代认识史上的重要阶段。秦统治者对这一点似乎并不怎么注意，他只看重其中的阴阳符瑞和某些统治术而已。如官吏应“安静毋苛”，“廉而毋刖”，“恿（勇）能屈”，“刚能柔，仁能忍，强良（梁）不得”。这些学说是典型的道家思想。至于宇宙观，那还是留给思想家、哲学家去思考。
