公元1368年，朱元璋称帝，建国号大明，定都应天（今南京）。同年十月，明军攻破元大都，元顺帝北逃，元朝在中原的统治随即宣告结束。此后朱元璋于公元1370年、1372年、1380年、1381年多次讨伐北元残余势力并成功将其重创，其中捕鱼儿海（今中蒙交界处贝尔湖）之战后，北元基本上已经可以认为名存实亡。
公元1387年，朱元璋发动了讨伐北元的决定性战役——捕鱼儿海之战。在此之前，明朝虽然屡次讨伐北元，尽管胜多败少，但始终难以彻底瓦解北元势力。之所以会造成这样的局面，究其原因是元顺帝撤出大都后，迫于明朝强大的军事压力，元军无法正面抗衡，于是蒙古人重新恢复了游牧民族对抗中原王朝的传统作战方式。蒙古骑兵通常小规模偷袭明朝边陲，明军出击后又立即远遁，这种“敌进我退、敌退我进”的游击袭扰战术常常令远道而来的明军部队感到抓狂。
然而这一次北伐却与以往不同，明军以犁庭扫穴之势深入蒙古高原腹地，对北元势力实行了彻底清除。该年年初，朱元璋命大将冯胜统率二十万大军出兵辽东，成功逼降了盘踞在辽东并且在明元之间首鼠两端的纳哈出势力。（纳哈出，元朝大臣，官至太尉，成吉思汗四杰之一木华黎的后裔，虽然其名义上归属元朝，但屡次向明朝示好，并于元朝灭亡之际按兵不动，作壁上观。）逼降纳哈出，拿下辽东就保障了北伐明军的侧翼安全，这是明军可以放开手脚横扫漠北的主要原因。
辽东平定之后，朱元璋命大将蓝玉统领十万明军向北深入大漠，决心彻底荡平北元残余势力。茫茫漠北，远离中原，明军孤军深入、粮草不济，后勤供应十分困难，加上蒙元在退出中原之后，恢复了游牧本性而居无定所，因此战争的关键就成了如何在广阔的漠北找到元军主力。与此同时，北元王朝也同样深知明军的短板，他们料定明军大规模奔袭漠北，后勤补给困难，必然不会持久，因此只要避而不战，明军就会不战自退。不过凡事都有例外，而这一次蒙古人的计划落了空。
蓝玉最终还是找到了他们，在距离捕鱼儿海（今内蒙古呼伦贝尔市贝尔湖）东北方向八十里的地方，明军发现了蒙元主力。蓝玉立即命令将领王弼为先锋向蒙古人的营地挺进，在黄沙漫天之中，明军以雷霆万钧之势向北元营地发起全面进攻。元军上下毫无防备，蒙古大将蛮子试图组织部队反击，但很快就被明军斩杀，元军瞬间丧失抵抗能力，或逃或降。一片混乱之中，蒙元皇帝脱古思帖木儿（元顺帝之子）只带几十人逃出重围，捕鱼儿海之战，明军大获全胜。
此战消灭了北元的主力大军，俘获北元皇帝次子地保奴并王公贵族三千余人，俘虏元军士兵七万多人、牛羊无数。脱古思帖木儿逃至土剌河，被将领也速迭儿杀死，也速迭儿杀死脱古思帖木儿后，自立为汗，称卓里克图汗。也速迭儿不久也死去，他的部将鬼力赤又篡夺了汗位，废除了元的国号，改称鞑靼，北元彻底终结。