众所周知，明成祖发动“靖难之变”后坐上了皇帝的宝座，事后他努力当一个好皇帝，但永远也洗脱不掉“篡位”的污点。他为了弥补这一点，在位期间编撰巨典《永乐大典》、修建故宫、派遣郑和下西洋、五次北征平定叛乱，也算得上兢兢业业，历史功绩丝毫不逊朱元璋。即便如此，他死后还是少不了被骂。这些他也管不着了，不过在位期间，朱棣对此忌讳到了神经质的程度，总觉得手下大臣说话是在含沙射影地骂自己，因此有不少人遭遇无妄之灾，死都不知道咋死的。
朱棣攻占南京后曾经“清宫三日”，把宫女太监解决掉，然后便开始清理前朝的旧臣。肯归顺的好说，高官俸禄伺候着，不肯降服的就直接杀掉，反正整个天下都是他朱棣的，有的是人等着上位。朱棣沿用父亲的酷刑，虐杀大量旧臣，手段残忍地令人发指。齐泰、黄子澄等逃往苏州、广德，被捉回来后施于磔刑（类似于肢解的刑罚），将其妻女发配为官妓，被凌辱践踏。
兵部尚书铁铉死得更加惨烈。他被人绑住押到朱棣面前时，不但面无惧色，还破口大骂朱棣是篡位的反贼，气得朱棣让人把铁铉的耳朵和鼻子割下来，当众煮熟后塞入他的嘴里，非常残忍。朱棣居然还问了一句：滋味怎样？铁铉没有半点屈服，把自己的肉吞下后，说：忠臣的肉，有什么不好吃的？在场之人吓得面无血色。朱棣感觉自己的气场惨遭碾压，下令将其凌迟，铁铉死后尸体还被投入翻滚的油锅，炸得焦脆。
朱棣的暴戾狠毒在历史上是极其少见的，臣子要么归顺，要么就被处死。但有一人打破了朱棣的原则，此人是个硬骨头，对朱棣横眉冷眼，朱棣倒是曾低声下气地劝他替自己做事，来回几次无果才将其杀掉。此人就是建文帝的心腹——文学博士方孝孺。
方孝孺是明初重要的思想家、文学家，有神童之称，师从宋濂，洪武年间从九品做起，步步升迁；建文年间受朱元璋遗命召回，被建文帝重用。他受父亲影响很大，从小就立志要站立君侧，为国家作出贡献。洪武十五年，他被大臣吴沉、揭枢推荐，进京面圣。朱元璋对这个年轻人的才学赞不绝口，却没有给他任何官职。洪武二十五年，方孝孺再次被大臣推荐给朱元璋，朱元璋虽喜欢他，但只给了他一个九品小官。原因是方孝孺虽有才华，但适合留着辅佐仁爱而性格偏软的太子朱标，现在还不是用他的时候。
建文年间，方孝孺终于实现了梦想，被建文帝极其信任和尊重，常常委以重任。两人都是儒家文化熏陶出来的，在治理国家、推行新政方面不谋而合。建文帝的新政在方孝孺的帮助下得以推行顺利，极大地造福了百姓。但其中也存在弊端：这对君臣论阴谋斗争，根本比不过老奸巨猾的朱棣，再加两人手段都不够狠，这就注定了他们同朱棣的斗争中将以惨败而收场。
方孝孺听闻建文帝自焚后，公然穿上素衣到宫中哭丧。朱棣看到五花大绑的方孝孺时，第一次摆出了贤明温和的形象，一边松绑一边解释自己的迫不得已，希望先生能归顺自己，并且为自己拟订即位诏书。朱棣一直为自己明正言顺登基头疼，最好的方法是请方孝孺这种重量级的人物公开承认自己的合法性，并编造“史实”把真相掩盖过去。方孝孺不仅不吃那套，还净往朱棣痛处上踩，大骂他反贼谋逆，把平生的文采都用上了，声称要杀就杀，绝对不会写诏书。朱棣扬言要诛他九族，谁知他竟说就算要诛十族也不怕。
走到这一步，朱棣也仅仅是将方孝孺关进牢房。以朱棣的脾气，这样的大臣早就杀之而后快了，为何对方孝孺却如此耐心？据《明史·方孝孺传》记载，原来曾经有个叫姚广孝的谋士跪地求过朱棣：“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”朱棣很快对方孝孺进行第二轮招降，在大型宴会上，公开请他拟订诏书。方孝孺不为所动，依然穿丧服伏倒在地为建文帝哭丧。朱棣在众人面前不好发作，狡辩自己和建文帝叔侄关系融洽，因齐泰、黄子澄这些奸人挑拨才发展至此，其实他是来效仿“周公辅成王”。结果方孝孺反问：“成王安在？”朱棣说：“彼自焚而死。”他又问：“何不立成王之子？”朱棣说，建文帝儿子太小，不能担起大任，方孝孺又冒出一句：“何不立成王之弟？”一连串的发问让朱棣下不了台，场面一度非常尴尬。