朱元璋要杀刘伯温的原因有四点：
1、刘伯温最终不能为朱元璋所容的原因是因为朝廷内部的矛盾，也就是历朝历代都存在的党争问题。在明朝建立之后，朝廷中的大臣其实又形成了两个派别，这两个派别以地域划分，进而又开始了一系列明争暗斗，这两个派别正是淮西集团和浙东集团。
2、淮西派别就是以朱元璋的老乡会为主的一群大臣，这些人都是朱元璋的老乡，所以对于朱元璋而言自然更偏袒淮西集团，自朱元璋称帝之后李善长更是成为了淮西集团的第一把手，之后淮西集团很快就棋逢对手，与之抗衡的就是以刘基为首领的浙东部。
3、自从刘基杀了李善长的亲信李彬之后，这两个党派之间的明争暗斗开始升级，李善长一直在找机会害刘基，所以当时以李善长为首的官员煽动其他大臣一齐攻击刘基，朱元璋当然看出了这些党派之争的把戏，加之之后的胡惟庸一案，朱元璋早已经不信任刘基，他明知刘基和胡惟庸之间的关系破裂，却还命令胡惟庸去探视刘基。
4、朱元璋这一计也是借刀杀人，利用党争除掉了自己的心头之患，一方面打击了党争局面，另一方面也为自己的子孙扫平了障碍。
刘基（1311—1375），字伯温，浙江青田九都南田山之武阳村（今浙江文成县南田镇岳梅乡武阳村）人。青田县在元末属江浙行省处州路（今浙江丽水），东临温州路（今浙江温州），境内多山。南田山在青田县城南一百五十里处。南田山的形势，乃是“万山之巅，独开平壤数十里，号南田福地”。《洞天福地记》中记载说：“古称七十二福地，南田居其一”。
参考文献：《中国历史集锦》