王敦之乱是东晋初年爆发的一场大规模内乱，这场内乱让刚刚草创的东晋政权，伤痕累累。这场内乱可以看作是东晋门阀政治下，皇权和门阀之间的博弈和斗争。这场内乱以晋元帝打破皇权和门阀的平衡开始，又以南北士族共同维护皇权和门阀的平衡告终。
起兵作乱
晋元帝能手创东晋，出身北方士族的琅琊王氏是立了大功的，特别是王敦和王导居功至伟，他们二位是堂兄弟，也是东晋的开国功臣。东晋建立后，王敦在地方上担任荆州刺史，手握重兵；王导在中央担任宰相，位高权重
由于琅琊王氏的赫赫功勋，许多王氏子弟占据着东晋的高官要职。。琅琊王氏基本上控制了朝廷。当时社会上有“王与马、共天下”之说。
晋元帝对琅琊王氏把持朝政的局面，非常不满意。他力图重振皇权，于是他提拔重用刘隗、刁协等庶人，以牵制琅琊王氏，并有意疏远王导等王氏子弟。
同时，晋元帝还以讨伐胡人为名，任命戴渊为征西将军，任命刘隗为镇北将军，各自在外领兵。明眼人都看得出来，戴渊和刘隗的任务就是防备王敦。
秋七月…以尚书戴若思为征西将军、都督司兖豫并冀雍六州诸军事、司州刺史，镇合肥；丹阳尹刘隗为镇北将军、都督青徐幽平四州诸军事、青州刺史，镇淮阴。-《晋书·元帝纪》
东晋能偏安江南，守住半壁江山，是依靠皇权和门阀合作模式得来的。如今晋元帝之举，显然是意欲打破皇权和门阀之间的平衡，必然遭到门阀的反制。
果然，王敦以“诛刘隗”为名，起兵造反。他从武昌（今湖北鄂州）起兵，兵锋直指国都建康（今江苏南京）。
王导态度暧昧
王敦起兵造反后，王导并没有响应。而是保持了非常暧昧的态度。一方面，他带着一家老小20多口人跪在宫门口，向晋元帝请罪，以示自己和王敦不是一路人；另一方面，王导并没有明确反对王敦作乱，当然也没有和王敦划清界限。
王导既没有声援王敦，也没有斥责王敦。他这这种态度，对王敦而言，无异于默许和纵容。王导之所以这么做，是因为晋元帝抑制门阀之举，当然会损害琅琊王氏的利益。所以他会默许王敦的作乱。但是王敦作乱，不可避免会牵连到王导自己。所以他的态度是暧昧而奇怪。
王导的态度，可以看作是北方士族的态度。那就是默许和纵容。北方士族和王导一样，也不希望司马睿打破士族门阀政治。
虽然刁协力劝晋元帝杀掉王导，但晋元帝坚决不同意。晋元帝召见王导时，明确表示自己绝对信任王导。
帝以导忠节有素，特还朝服，召见之。导稽首谢曰：“逆臣贼子，何世无之，岂意今者近出臣族！”帝跣而执之曰：“茂弘，方托百里之命于卿，是何言邪！”-《晋书·王导传》
晋元帝不杀王导，原因有三：
一、因为王导是北方士族的首领，如果贸然杀掉他，会不会导致北方士族倒戈相向，抛弃晋元帝，投奔王敦？这是晋元帝不可承受之重。
二、王导是琅琊王氏的重要代表，也是琅琊王氏的门面，还和王敦是同族，如果杀了王导，会不会导致王敦的疯狂报复？司马睿恐怕得掂量掂量。
三、因为在当时，王导是唯一可以调和南北方士族矛盾的人。如果杀了王导，很可能导致东晋赖以生存的政治根基-南北方士族合作被毁坏，这对晋元帝而言，也是无法承受的。
江东士族和江东豪强的不同表现
司马睿初到江东时，为了笼络江东士族，对江东士族很热络。但是东晋建立后，司马睿依仗的却是以琅琊王氏为代表的北方士族，江东士族遭到了冷落。这让江东士族非常不满。
义兴周氏是江东首屈一指的世家大族，出身义兴周氏的周玘，曾有三定江南之功，功勋赫赫。然而司马睿坐稳龙椅后，义兴周氏却靠边站了。这让周玘很愤怒，甚至动了造反的念头，不过他还没行动就病死了。