早在宋代，就有人认为木牛流马是“独轮车”，这种说法也没什么对不对的，反正都失传了。
宋代高承《事物纪原》记载：“小车：蜀相诸葛亮之出征，始造木牛流马以运饷，盖巴蜀道阻，便于登涉故耳。木牛即今小车之有前辕者;流马即今独推者。”这里认为木牛就是小车，流马就是独轮车。《宋史》、《历代名臣奏议》等书中也认为木牛流马是“独轮车”。
宋代陈师道在《后山丛谈》认为木牛是独轮车，流马是四轮车。李昉的《太平御览》和《南齐书·祖冲之传》认为木牛流马是步行机械。还有人认为木牛流马是自动机械的。说法莫衷一是。
木牛流马历来为史家所重，在民间也有广泛影响。经过历代辗转抄录史料记载已有多个版本，无法统一，木牛流马到底是怎样的东西已无法知晓，毕竟失传1780多年了，没有图纸和实物流传下来，成为我国古代机械工程史上的一个不解之谜。
虽然通常认为木牛流马是诸葛亮发明的，但也有人提出异议，比如赵无声在《快史拾遗》中提及：“蒲元造木牛流马，今人皆谓武侯所创。”他就认为木牛流马是蒲元所造，蒲元是三国时期蜀汉的著名刀匠，曾为诸葛亮制刀。还有人认为木牛流马是团队的结晶，诸葛亮只是带头人，由于诸葛亮的名气太大，就全算在他头上，民间传说对诸葛亮也进行了神话，与诸葛亮有关的东西也多是真假参半，亦真亦幻了。
目前流传下来的关于木牛流马外形最完整的描述来自于《诸葛亮集》。
《三国志注》引《诸葛亮集》中有关木牛流马的记载：
“木牛者，方腹曲头，一脚四足，头入领中，舌著于腹。载多而行少，宜可大用，不可小使;特行者数十里，群行者二十里也。曲者为牛头，双者为牛脚，横者为牛领，转者为牛足，覆者为牛背，方者为牛腹，垂者为牛舌，曲者为牛肋，刻者为牛齿，立者为牛角，细者为牛鞅，摄者为牛秋轴。牛仰双辕，人行六尺，牛行四步。载一岁粮，日行二十里，而人不大劳。流马尺寸之数，肋长三尺五寸，广三寸，厚二寸二分，左右同……”
对于木牛流马的描述非常详尽了，只可惜没有图纸和实物。木牛和流马是两种机械，流马是木牛的加强版，这里分开描述了木牛和流马，其中“载一岁粮，日行二十里，而人不大劳”是对木牛功能的描述。据三国文化研究中心郭清华考证，木牛可以载大米600斤，日行二十里说明它的速度并不快，人不大劳说明木牛只是一个省力工具，仍然需要人力操纵，并非自动机械。
目前已经复原出来的木牛流马有单轮的、四足的、四轮的、走轨道的、向下冲滑道的，从一个轮子到16个轮子各式各样的，很多景区、纪念馆、博物馆里都展出了一些木牛流马复制品，木牛居多，流马少见，因为流马的制作要求更高。比较粗糙的复原就是在一个独轮车上安一个木制的牛头，复杂一点的一些不知道啥作用的木头。
总之，真正的木牛流马已经复原不出来了。