侯恪一向与杨涟、缪昌期友善，杨涟上书讨魏忠贤二十四罪，未被皇帝采纳却因此招致杀身之祸。后魏忠贤听闻杨涟上书是侯恪起草，魏忠贤大怒，欲谋害他。
这时魏忠贤的干儿子之一的镇抚司田尔耕平常很崇拜侯恪，对魏说：“这个人能诗善赋，在公卿中很有名气，又能书米芾书”，并请魏忠贤不要杀他。魏派田尔耕拉拢侯恪。侯方域《司成公家传》这样记载：“尔耕退，诣公，话故旧，因佯言：‘我之游魏翁者，欲为士大夫地也，非得已也’。公大悦，呼酒与饮，辄慷慨指当世事，尔耕默不得语。居数日，又诣公则益为款言，伺公嬉笑饮酒酣，乃促膝附公耳言：‘公且以杨、缪故，重得罪。我为公画计，某月日乃吾魏翁诞辰，公自为诗书之。’言未得竟，公大怒，推案起，酒羹覆尔耕衣上淋漓。”侯恪的那种眼里不容沙子的耿直性格由此可见一斑。
天启五年（公元1625年）阉党毁天下书院，大举迫害东林党人，榜东林党人姓名，以示天下。侯恪与其兄恂皆在榜。是年杨涟、左光斗、魏大中等六人为阉党所害。因侯恪在礼闱取士中与阉党魏广不合，魏忠贤趁机矫旨罢侯恪官令其养马，恪即日辞官回乡归隐，愤然出京。其诗有：“死谏亦何恨，生还作逐臣”之句。
他的学生二十三人，追到卢沟桥，共置酒与老师饯别，“公饮酣，遍观二十三人者曰：“吾归矣，幸无面腼以辱诸生，但愿异日诸生作好人，不愿诸生作好官！”
侯恪到家乡后，在商丘府城西二十里处水池铺修建一别园，自署曰“遂园”。种草莳树，隐居于此。自放丘壑，觞咏不废，绝口不问外事。他对来求教的秀才们说：“素位而行，可以居身，可以处世；好修起谤，正自不免。但得谤即可坚砥砺之操，又可谈风尘之咏”。就这样侯恪在遂园里度过了三年的隐居时光。
崇祯元年（公元1628年）魏忠贤被诛后，侯恪重新被启用，复中允兼翰林院编修。辅助丞相韩爌厘正《三朝要典》，请颁钦定逆案。
崇祯二年恪任专门记录皇帝言行的记注，阉党余孽温体仁揣摩崇祯皇帝的心意，偷偷上书言群臣朋党，得召对。在殿上，“体仁钩挑诟谇，数睨望颜色，伏叩头为侧媚曲谨状，天子大悦，趣立以为相”。侯恪真实地记下了温体仁的丑态，并飏言于朝。温体仁担心恪揭他的隐私，多次委屈恳求侯恪给改一改，恪坚决不改。温体仁恼羞成怒，于是建议崇祯皇帝任命恪为南京国子监祭酒，让侯恪远离朝廷。
崇祯二年（公元1629年）侯恪出任业南京国子监祭酒，同年四月分考礼部试，当时的士子得知侯恪将主南雍，奔走相告，言：“安得采首山之铜，铸侯太史像，令长司文衡。”愿入南京太学投奔侯恪门下者，近万人，明兴以来，未之有也。这足可见侯恪公正贤明的形象深入人心。也说明了侯恪也深得天下士人的仰慕和爱戴。
在侯恪主持南京国子监期间，与司业倪元璐校理二十史，补其阙遗，定监规。又针对科举中的弊病上疏陈七事，即：“严班期”、“重文行”、“劝实学”、“抑奔竞”、“隆监体”、“核廪饩”、“优迁转”。他励精文治，慨然大有为，常劳废寝食。崇祯帝欲拔入内阁。可是正当侯恪满怀治国安邦之志，准备大展宏图之时，不幸积劳成疾，中风后，右手臂麻木，后又带病工作，病情加重，于是告病回归故里。一年多以后，侯恪于崇祯七年七月十二日病卒。年仅四十三岁。
侯恪的从子侯方域在《司成公家传》里说：“天下皆以有公宰相器，痛惜之。”侯恪英年早逝，失去大展宏图为大明王朝效力的机会，而大明帝国的士子们也失去一名良师，大明王朝也失去一位具有治国安邦的宰相之材，真是造化弄人，可叹可惜。
3、侯恪的文学成就和价值
侯恪一生著述颇丰，不仅有史学著作《补元史刑法志》，还有《眠云阁集》、《嘤鸣集》、《静竹斋前后二集》、《片石轩存稿》、《随史漫录》、《归田草》、《遂园诗草》、《雍余草》、《馆阁试草》等诗文集。
