朱厚熜这么一说，杨廷和等大臣也就没有了办法。于是，朱厚熜就从此门进入登基为帝。
杨廷和觉得这个小孩太有脾气，必须得吓住他。于是就有了认爹这么个事。而朱厚熜当然要坚持自己的主张，认自己的父亲兴献王为亲爹。
无奈的是，朱厚熜孤身一人，并没有帮手。在一番议论后，年轻的朱厚熜哪里是这些老油条的对手，很快就败下阵来。
没有办法，朱厚熜就想私下与杨廷和和解。朱厚熜就派太监去叫杨廷和过来，好声好气的跟杨廷和要个父母的名分。如果就这么和解了，这件事可能就结束了。可惜杨廷和对于权势太过贪婪，并不买朱厚熜的帐。只是说考虑一下，谁知这一考虑就没有了下文。
朱厚熜左等右等，知道杨廷和是把自己耍了。于是就下了一道旨意，要求内阁给他父母一个名分。谁知道，这道旨意直接被内阁给挡了回来。
有人可能会觉得奇怪，这不是圣旨吗？皇帝的圣旨他们都敢挡？这个还真的敢，因为明朝内阁有“封驳”的权力。对于他们觉得不对的旨意，可以要求重新讨论。
这下朱厚熜郁闷了。突然感到自己虽然贵为皇帝，却并不像民间想的那样呼风唤雨，还得看人脸色行事。看到如此状态，朱厚熜知道只有实力才能扳倒这些不听话的大臣们。
要什么来什么，毕竟想攀附新皇帝的人什么时候都有。新科进士张璁就很聪明，说皇帝是“继统不继嗣”，可以给兴献王另立宗庙。
在张璁的支持下，大礼议再次起了纷争。不过杨廷和权势滔天，张璁等人势单力孤。朱厚熜没有办法，将张璁贬到了南京。作为折中，杨廷和也用迎接太后的礼仪，将朱厚熜的母亲迎入京城。
看起来这件事结束了，实际上这还只是开始。这一年是正德十六年。
嘉靖三年，关于朱厚熜的“爸爸去哪了”再次起了波澜。此时的朱厚熜已经坐稳了皇位，急需一帮自己的嫡系为自己打天下。像杨廷和这帮人早就看不顺眼了。
张璁等人在南京上疏重提旧事，这正好遂了朱厚熜的心。朱厚熜让张璁等人进京，负责处理自己父亲的称号。而此时杨廷和看到时代不同了，就要求致仕。
朱厚熜与杨廷和在此和平分手，嘉靖朝进入了新的时期。
嘉靖三年七月，朱厚熜父亲上尊号“皇考恭穆献皇帝”，九月称孝宗皇帝为“皇伯考”。
朱厚熜算是给自己在历史上正名了。但这还不算完，还得对朱棣的庙号做更改。因为自己是非嫡子继位，跟朱棣一样都属于小宗入大宗。大宗就是嫡长子继承制，其他的是小宗。
当时太庙里面已经有了八个牌位，把他父亲兴献王睿宗放进去刚好九个。明朝规定，太庙只能供奉九个牌位，多的就只能去偏殿。而这个多，就要挑关系最远的人。将来自己死后，太庙的牌位就不够了。将来自己要是进了太庙，肯定要搬出去一个。这个时候肯定就是朱棣被搬出去，那就又要起争议了。为了不让朱棣被搬出去，就得给朱棣换一个庙号，这就只能是“祖”。因为只有“祖”才能永远得到供奉。
所以，为了让自己更加的名正言顺，就改明太宗朱棣为“成祖”，谥号为“启天弘道高明肇运圣武神功纯仁至孝文皇帝”。而为了让自己进太庙，就先让自己死的皇后占了一个位置。如此，自己死后被搬出太庙的就只能是明仁宗朱高炽了。
