因此，当准噶尔蒙古崛起的时候，和硕特汗国倒向了准噶尔蒙古一方。这一情况很快被清朝方面所发现。因此，清朝方面一度准备追究和硕特汗国的责任。此时，噶尔丹已经去世，准噶尔汗国处于颓败状态，和硕特汗国在固始汗去世后，也处于一盘散沙的局面。因此，当康熙皇帝准备出兵讨伐和硕特汗国的时候，汗国的各个酋长们，在经过一番权衡以后，决定向大清服软。
不过，此番康熙朝廷也做出了新的决定：即以后和硕特汗国的汗位以及贵族的爵位，取缔世袭制度，必须由大清朝廷册封才作数——这一政策，和清朝在云南和川边推行的改土归流极为相似。和硕特汗国的灭亡
康熙帝驾崩后，和硕特汗国话事人之一罗卜藏丹津觉得：康熙后期，由于各种因素，大清的国力已经出现了衰败情况。因此，如果和硕特汗国利用这个机会，或许可以脱离清朝统治，获得自主。于是罗卜藏丹津在雍正登基的初年，在青海发动叛乱。
雍正皇帝刚好打算利用这个机会来给自己树立威望，因此，雍正帝先后派遣年羹尧、岳钟琪等将领率领清军，进军青海。与此同时，雍正帝命青海周围的省份，禁止向青海的和硕特部出口任何军需物资。这就意味着，即便是罗卜藏丹津想和清朝打持久战，也没有物资供应。
和硕特汗国本身是由若干个蒙古部落组成的汗国。各部落的酋长、头人见清军声势浩大，于是纷纷向清朝表示臣服。罗卜藏丹津本来也想向大清求和，但是雍正帝偏偏宣布不接受罗卜藏丹津的求和，山穷水尽的罗卜藏丹津只好逃到准噶尔汗国那里避难。不过，在乾隆时期，随着清朝灭亡准噶尔汗国，罗卜藏丹津还是落到了清朝手里。
而这一战，也彻底灭亡了和硕特汗国。并且，由于清军的讨伐和战争的冲击，和硕特汗国各部元气大伤，无力和朝廷对抗。雍正朝廷设立“西宁办事大臣”，负责处理青海的事物，分化青海各部的力量，就这样，青海开始被清朝实际控制，直到清朝灭亡。
