除了对皇室宗亲进行打压之外，高肇的影响力甚至还辐射到了皇帝的后宫，为了帮助自己的侄女登上皇后的宝座，甚至杀害了当时的皇后。这件事在史料中没有详细的记载，但是当时的百姓都认为皇后的暴毙和高肇有着直接的关系。不久之后，宣武帝的皇子元昌也暴病而亡，人们也认为这是高肇也为其侄女登上后位扫清障碍。
北魏宣武帝高皇后
而高肇的权势在高皇后登上后位之后达到了顶峰，由于宣武帝在即位之后钟情于佛法，对于政事并没有任何兴趣，因此高肇成为了北魏的实际掌权人。不过其权势毕竟是来自于皇帝的宠信，随着宣武帝的早逝，高肇也迎来了自己的末日。
于忠铲除高肇及其专权
1. 于忠擒杀高肇
在宣武帝去世的时候，高肇正领兵在外，领军将军于忠以新帝元诩年幼不能亲政威名，举荐太保元雍与任城王元澄为朝中领袖，主持政局。其还派人杀死了高肇在宫中的亲信王显，稳定了朝中的局势。
北魏孝明帝元诩
之后其以元诩的名义写信向高肇告哀，并命令其返回京城。在高肇回朝之后，便穿上丧服来到宫门外，并大声哭号以致哀。之后其便被人引入西殿，被侍卫掐死。朝廷在其死后下诏揭露高肇的罪行，并称其乃是自尽而死，这位权倾朝野的重臣就这样退出了历史舞台。
2. 于忠专权乱政
在高肇去世之后，于忠便开始在门下省担任要职，由于其还兼管宿卫，其权力在当时瞬间达到了顶峰。在宣武帝在位时期，北魏依然推行其汉化的政治路线，这让汉人官员的地位得到了进一步的提升，而鲜卑武人出身的于忠对于这样的局面十分不满，于是其便希望打压这些汉人官员。
北魏权臣于忠
当时由于于忠专权，朝中的汉人大臣郭祚与裴植等人便劝说高阳王元雍将其赶出朝廷。这件事被于忠得知之后，其便命令相关部门诬告此二人有叛变的打算，并申请处以死刑。但是这两名官员在之前都有过不小的功劳，因此有不少人为他们求情，可是于忠却伪造皇帝的诏书称：
凶谋既尔，罪不当恕。虽有归化之诚，无容上议，亦不须待秋之分。
而这两名官员也很快就被处死了，他们的部分亲信也一并被于忠所铲除。之后于忠还想用相同的手法除掉重臣元雍，不过在崔光的坚持反对下才终究没有成行。
北魏名臣崔光
于忠的专权与跋扈也引发了朝中群臣的反感，后来他们找到机会，向元诩的生母胡太后告发了于忠的恶行。由于于忠把持朝政的时间不长，并没有培植起足够的势力，因此其很快就被太后贬出朝廷，并剥夺了之前授予的封号和爵位。
外戚权臣对于北魏政局的影响
高肇和于忠的专权是北魏后期十分重要的历史事件，而这对于北魏的政局也造成了十分深远的影响。首先是高肇对于北魏皇室成员的打压让北魏的政治结构出现了极大的变动。在宣武帝在位时期，北魏还处于汉化改革的初期阶段，这个时候朝中需要有威望的大臣坐镇，以此来平息那些鲜卑军事贵族的不满，而皇族成员自然是最好的选择。
然而高肇因为自私将这些大臣尽数铲除，虽然在其死后元雍等人又恢复了官职，但是其在朝中的影响力已经大不如前，失去了宗室护佑的北魏皇帝的权力也遭到了极大的削弱，为之后的全程崛起埋下了伏笔。
而于忠专权之后对于汉人官员的打压则让鲜卑贵族与汉人新贵之间的矛盾变得更加尖锐，这让北魏的政局出现了分裂的危机。而且汉人官员的失势让汉化改革的脚步慢了下来，让孝文帝的努力大多付诸东流，于忠实在是北魏发展的历史罪人。
