2"公私"双重占役引军兵反抗
"公役"主要是皇亲国戚的占役，明初就有皇族及高级官员私役军士的事情。这种现象随着班军入京而日形严重，军役繁重导致兵变时有发生。
正德年间刘瑾专权的时候，派出爪牙党羽到处丈量屯田并不断作弊，随意虚报增加士兵所耕田地亩数，克扣军卒饷粮，激化军卒不断酝酿的愤怒。
下级军官高真、郭成等人发动兵变，明代朝廷起初是发放银两进行安抚慰问，然后又派兵严酷镇压，把高真等人秘密擒拿杀害。
之后，大同又发生兵变，朝廷派出三镇兵力进行攻伐，全城的军民尽力死守，半年没有攻克城池，最后不得已用发放粮饷赏银，捉拿祸首平息民愤了事。辽东也随之在辽阳、抚顺等地爆发了一场大规模兵变，也是将近半年才被镇压下去。
"私家"占役指的是军队里的将官役使军士干私活，这里主要是那些镇守总兵、指挥千户、百户等有实权的官吏。这些军官在贪污的同时往往私自占役军士，役使军士进行庄田的耕种，以及贩运私盐、修筑私人宅第、伐木冶炭、开窑烧造砖瓦等。
明中期后军队中军官役使士卒干私活的现象极为普遍，致使军士苦不堪言，逃亡人数不断增加，而空出的名额又被军官用老弱病残进行充数，军队的战斗力又被削减一大截。
3南北调操致逃兵日增
明初规定，补充卫所的士兵，皆要从参军地方征发到边疆地区，而且实行南北方人互相对调。
这种制度与人民安土重迁的观念发生较大冲突，由于远离家乡，有走到半道就病死的，或者水土不服，到卫所地又死掉的，军士畏惧对调产生的逃亡现象不可避免的发生。此种因调补而逃亡军士的数字难以核定，但数量很大。
这种更戍制度虽然弊端重重，却一直因为明朝统治者固守祖制而没有消除。使军丁逃亡的范围日渐扩大，数量日趋增多，终至军伍空虚，直至崩溃。
4宦官典兵致军纪败坏
明太祖朱元璋时期曾严厉禁止宦官"预政典兵"。明朝"中官典兵"是由郑和开始的，郑和那时还是坚守军纪的。
到明英宗宠信宦官王振时，出现极大的变化，王振权倾朝野，公候将相见到他时都要卑躬屈膝，军士当然任其指使，他的弄权乱政致使军纪败坏，军力极弱。直至发生土木堡之变，京师三大营的军队，几乎全军覆没。
及至明武宗时刘瑾专宠，进一步败坏军制。都指挥一下想要升官求实缺的，只要求得刘瑾的一张纸条，兵部立刻执行。
边军管理失控，军队贪腐成风，军士受压日重，宦官激变军队的事情层出不穷，军队因不堪忍受宦官或将官恣意凌欺而暴起杀人的现象比比皆是，塞上一带尤为严重。
如此戕官杀将的军队，哪还有军纪可言，又何谈统率和服从。这样无组织无纪律的军队，哪里又谈得上捍卫国家，这也是明卫所制度日趋衰落的重要原因之一。
5克扣军饷致士气衰落
明初大力推行屯田时，卫所垦田产出之粮食，除供屯军自已食用外，还足够给本卫的官军发放薪俸。可是到明中叶后情势大变，因军户田地被将官豪强兼并掠夺过重，粮饷已是不敷使用。
月粮收入减少，足以致军士于死地，更何况再加上将领的剥削呢，无可奈何之下，军户逃亡者日重。
卫所军制，军人一人逃跑，则表示将家产尽数抛弃，妻子及田地，都会被他人收入手中，在卫所里，多少妻离子散走死逃亡的人间惨剧不断地上演。
此外，严嵩父子专权时期，官员纷纷贿赂其门，使军法破坏殆尽。欲取媚者又多挪用军饷以作进身之资，边军生活状况越发更加不堪保命，人心惶惶，活命尚且不能保证，何谈军力。因此，明卫所军力在明中叶以后，渐成强弩之末。
