除此之外，当时的明军因久于荒废战事，军中顽疾不断，为重振明军往日的雄风，于谦决定整顿军务，因而得罪了不少“不法”军官，据载光景泰元年正月，于谦就弹劾了四个中、高级军官。于谦的大力整饬军务，虽使得大明军队有所改观，却也失去了军官们的支持。
只是因为于谦这种眼里“揉不到沙子”的做法，使得自己彻底被孤立，到了夺门之变的前夕，竟没一人能给他通风报信，最后只得束手就擒，并被杀害。
其实作为一个人臣，于谦做得这一切都没错，他所做的每一件事的出发点都是为了国家，比如立景帝，弹劾不法军官等，他这是为国家计，但没办法做这些事总会危及其他人的利益，这是不可避免的，但于谦做事过于决绝，不够圆滑，终将使得自己会与他人格格不入，所以一旦失势，必定会遭到他人的报复。也许于谦早就看透了这一点，所以才会留下“粉身碎骨浑不怕，要留清白在人间”的名句。
