但是司马道子哪肯就此罢休？他听从部下建议，打算树立外藩作为防备王恭的屏障，结果此举又被一向忠心的王恭咬定为"不臣之举"，因而王恭联络殷仲堪再度起兵。
王恭自以为凭借上次对司马道子的威胁，可以使其不敢轻举妄动；而且其本人自恃家族地位和才能，再加上当时他有统帅堪称"特种部队"北府兵的刘牢之相助，使他更无所忌惮。
战争开始后，司马道子无能，但他年仅十六却颇有"神武之风"的儿子司马元显坚持主战，甚至亲自率兵准备抵御。当时王恭对北府兵的将领刘牢之十分倚重，但对他实际待遇却仅仅是普通部众一样，这令本来名望、军功颇高的刘牢之十分不满。而司马元显敏锐地察觉到了刘牢之与王恭的不合，便私下许诺给刘牢之诸多好处——
司马元显
刘牢之当然清楚，王恭并非不看重自己，只是说待遇上想对诸位将领平等对待一视同仁。可惜刘牢之最终仍经不住司马元显更高利益的诱惑，终于背叛王恭，并遣人偷袭王恭使之被捕遇害。
王恭到死还认为，刘牢之的背叛是其失败的原因，但事实上，王恭是败于一种特殊的毛病——政治幼稚病。
之前我们谈庾亮，说志大才疏的人必败无疑。再看王恭，就凭他死前振振有词的"百代之下仍有"的"忠于社稷"的本心，自然也不可能起到什么实际作用。而说到底，在那个黑暗的年代，王恭这样太过刺眼的人，反而不配赢。
王恭也终究成为了第二个庾亮了！甚至结局更为悲惨！
但王恭的死终究是可惜的啊。毫不夸张的说，王恭的死，是东晋的最后一个良心的泯灭。王恭之后的东晋，是奸逆之间的大乱斗，此时诸人心中仅有“上位”的想法，再无良心可言了。"春风濯濯柳容仪，鹤氅神情举世推。可惜教君仗旄钺，枉将心地托牢之。"
桓玄
而顺带一提，有关晋末这段风云历史，百代之下的人们记住的往往不是王恭，而是在这场事变后乘势而起的野心家——桓玄与刘裕。
