此外，根据岛上地势和位置，分设东南西北前后六库房，每次十年大造黄册，都需要上报皇帝和工部，经过审批方可开工。
除了库房的建造和设计保障，库房的安全还有专门的库房管理和守卫人员，主要分为三类：管册人员、大查人员和巡湖人员。
管册人员由正式官职的官员、监生、办事吏、医生和匠役组成，主要是在库房进行管理工作，大查人员顾名思义，就是专门检查黄册的官员，巡湖人员则是由兵马指挥司将兵和户部官员组成，共同保证黄册库房安全的人员。
除了上述安全保证，明代政府还为档案库存提供充足的财政经费支持和法律保障。《后湖志》写到：“弘治四年至弘治九年，为清查册籍，仅伙食费和物品费用达一万两白银”、“岁月必须七八年，费资必得万余两”。
同时为了保证户籍档案工作的顺利展开，明代制定一系列法律，比如《大浩》、《大明律·户律》，其中《大明律·户律》7卷95条，全是涉及人口、户籍、土地、徭役等一系列社会经济的法律条文，可以说是古代历史上最全面的户籍立法了。
户籍档案管理普查性和震慑性色彩，保证各部门工作的正常进行
1、严格细致的户籍档案制度，起到了很强的人口管理和普查作业
户籍制度产生的根本原因在于管理人口，它将人口、土地、财产等重要信息以书面落实下来，非常直观地以文字和数字组合的形式呈现给统治者。
户籍制度最早起源商朝，经过多个朝代的历练仍被统治者所重视。历代统治者在新旧政权更替时，为了巩固自己政权的稳定，首要事务就是整顿和制定国家新的户籍制度，同时辅以户籍档案管理制度。
大明王朝也不例外，普查国家人口信息仍是明代户籍档案制度的最根本作用，且普查功能跟强大，兼具普查国家土地、税收粮食信息的作用。
上文就有提到，地方政府发给百姓空白的表格，让百姓将需要填写的信息填好再上交，其中就包括家庭人口信息、粮食收成、土地状况等等，在经过层级政府机关的查验。
最终到达后湖黄册户籍档案库时，就包括有全国人户、人丁总数量、田亩总数目、夏秋税粮总数，完全实现人口、田亩、税粮普查功能。洪武十四年后，黄册制度逐渐完善，也就同时意味着一套完整、有序、系统的户籍档案制度和信息普查系统的形成。
2、清晰明了的制度具有强烈的震慑性，起到维护政权的作用
虽然明代与前朝差不多，对于户籍档案管理是“重保藏轻利用”，但是清楚明了的利用制度还是对当时的社会具有较强的震慑作用，起到维护王朝统治的作用。对于户籍档案管理明代设有严苛的法律条文加以保障，无论是收集整理还是保存管理，各个环节都严格要求。
但凡出差错便是处罚，无论军民不论贵贱，所以就是完善、系统的户籍档案管理制度和严明的法律大大威慑了大明的军民，使之在户籍档案管理过程中做到对明王朝、对朝廷、对皇帝应有的敬畏。
此外，后湖户籍档案库对于查验的官员也进行一定程度的震慑，明朝政府严格限制进入后湖档案库的官员，还规定不允许府、州、县及以下政府机关的官员进入后湖抄写黄册。只允许在库房管理人员陪同下查验，查验立即离开，以防泄密。
正如提出建议的大臣杨廉所说：“军民户籍大势不敢紊乱者，诚惧籍册之独在后湖也”。
档案管理工作的执行不力，加重了国家和百姓的运行负担
1、严重的执行不力现象，使得档案管理制度达不到最初的效果
虽然明代户籍档案制度是较为完善的制度，好的制度若没有好的人员来执行那将发挥不出其优势。历史事实证明，明代中后期的户籍档案管理工作确缺乏这样关键的因素。
