上文就谈过，明代户籍档案管理中执行的最关键三者是：皇帝、后湖黄册档案库的管理人员和全国各级造册人员，而出问题也就出在这三者上。
明代户籍档案收集整理过程中各级地方政府的造册人员贪污舞弊，后湖黄册档案库的档案管理人员消极怠工，而最关键的就是当朝的统治者，皇帝对户籍档案工作的不重视、不过问。
明成祖朱棣
明初的朱元璋作为开创黄册制度和户籍档案工作的皇帝，自然是十分重视户籍档案的运作，且朱元璋向来严惩贪污腐败、消极怠工的官员，在这位勤劳、严格的开国皇帝统治下，官员们都做到尽可能尽善尽美。
明成祖朱棣虽然不及他勤劳的父亲，但是同样作为杀伐果断的皇帝，对于官员执行户籍档案中不作为仍加以严惩，朱棣自己也十分重视后湖黄册库，即便迁都北京也没有搬迁或新建档案库。
可是到了明代中期，随着明代几位奇葩的皇帝登上皇位而导致出现宦官专政、道士当权、内阁权臣当道等等局面，也就同时催生官员贪污腐败、消极怠工的出现。
根据史料记载，正德七年至十五年间，仅江西布政司黄册就被虫蛀六千多册，正德十五年送至后湖黄册库的一万黄册不到一年坏册占比60%。洪武、永乐年间的黄册“纸壳面上如旧”，这就意味着在正德年间黄册户籍档案工作做得完全不如朱元璋、朱棣在位时期那样完美和严谨。
2、严重的贪污腐败现象，使得百姓在户籍制度下苦不堪言
正所谓“上有所好，下必甚焉”，上位者一旦有什么喜好，就会以极快的速度影响下级的行为。皇帝荒淫无度、无心过问朝政，下面的官员自然而然也对工作不上心、消极怠工、贪污舞弊。
在户籍档案工作中，每十年一次大造的黄册是基础，从基层开始的黄册编造收集好坏直接影响着明代户籍档案工作的实施，问题恰巧就出现在基层官员上。
明代黄册制度和里甲制度相辅相成，编制黄册的基层人员基本上也是里甲组织下的人员，可是里甲制度下的里长却不是正式官职的官员，而是各地人丁、粮食多的地主阶级，所以在编制黄册时避免过重的徭役，难免会出现舞弊现象。
同时里长贪污舞弊同时还会勾结衙门的里书书手、算手那些负责计算和书写钱粮的官吏，他们虽没有大权，却能够随意填写黄册上数字，所以导致受贿、讹诈等现象发生。
每逢大造黄册之年，里书就会巧立名目向百姓征收各种费用，同时还接受里长得受贿。总结
明代充分利用户籍档案对社会经济、政治和文化的重要影响，加强对户籍档案管理工作的执行和实施，在维护政权权威、巩固王朝统治、保证基层治安、普查全国人口基本信息上得到想要的结果。除此之外，明代对于户籍档案的保存管理上做出的安全保障的意识值得现代国家档案管理的重视，当然明代中后期因为封建制度和皇帝制度下导致原有户籍档案制度崩溃也是值得深思的一方面。
