第二年春天，刘秀进封邓禹为梁侯。当时赤眉军西逃，于是邓禹南下长安，驻军昆明池。邓禹领兵与军阀延岑战于蓝田，不胜，于是移军云阳。汉中王刘嘉归降邓禹，刘嘉的丞相李宝傲慢无礼，被邓禹斩杀，于是李宝的弟弟攻打邓禹。自从冯愔反叛邓禹后，邓禹的威望稍损，又缺乏粮食，归附的人纷纷离散。
赤眉军还入长安，邓禹与之交战，战败逃入高陵，军士饥饿，都吃野菜度日。刘秀于是召邓禹回京，命邓禹不要轻举妄动。邓禹因为有负重任，多次驱使饥饿的士兵进攻赤眉军，总是失败。
第三年春，邓禹与车骑将军邓弘攻打赤眉军，不料中计，士兵死伤无数，邓禹仅仅和剩余的二十四名骑回到宜阳县（今洛阳市境内）。邓禹引咎辞去大司徒官位、梁侯爵位。刘秀下诏归还邓禹的爵位，几个月后任命邓禹为右将军。
第四年春，军阀延岑来犯，邓禹奉命和复汉将军邓晔、辅汉将军于匡击败延岑。延岑逃入汉中，部众都投降。其后九年，邓禹基本闲置无事。
第十三年，天下平定，诸功臣都增加食邑，邓禹被封为高密侯。刘秀认为邓禹功高，封邓禹的弟弟邓宽为明亲侯。邓禹为人忠厚，孝顺母亲，天下平定后，常常想远离名势。
刘庄即位后，因为邓禹是先帝元勋，任命他为太傅，对他十分尊宠。一年多后，邓禹卧病在床，刘庄多次亲自看望。不久邓禹病逝，谥号为元侯。
邓禹是刘秀的老同学，而且很早就追随刘秀了，平定河北河东，战功显赫。不过邓禹西征长安，表现得不如往日出色，反而损兵折将不少。况且刘秀令他进攻时，他按兵不动；刘秀令他不要进攻时，他却轻举妄动，即使刘秀非常信任邓禹，但邓禹难免犯了大忌。刘秀平定天下用了十三年，后面的九年，邓禹基本被闲置起来，这与前面的事不是没有关系。不过邓禹西征也并非全无功绩，至少为刘秀再次西征扫除了一些障碍。
