沿此路径，胡应麟重新考察了公案，并彻底改变了自己的主张：
陈寿之志三国，继躅马、班，而世率以寿父子见法武乡，故诸葛传赞有“将略非长”之訾，此皆不详核传文之颠末，且不知寿之所处何时，而托摭片言以借口者也。夫寿之志三国也，天下统于晋矣……寿于斯时，虽蜀之遗民，而实晋之编户也。……所纂《国志》，虽非被命纂修……而顾于晋之先世兵争仇敌之人，据事直书，临文无隐，大者将为崔浩之暴扬国恶，湛七族于一朝，次亦且如蔡中郎辈，婴缧绁于狴犴，而望书之行于世而传于后乎？此寿于武乡行陈之际，战胜攻克，不得不纡回其笔，以少致其北面之私者。而其意于武乡实未尝有所轩轾也。夫寿之成书，列传百数，吾悉取而读之矣。体存简质，辞绝浮蔓，即昭烈、魏、吴寥寥纪述，独武乡一传纡徐郁茂，备极敷扬。仅大捷卤城，一讳宣王之败，至渭南之卒，按行营垒，“天下奇才”之叹，且揭篇终。噫!彼司马懿者，百代奸雄之最，迹其生平，曷尝有所输服？独斯言也，触于目而发于衷。盖古今之公是，而寿直书之而不没，所为扬诩武乡之将略，固已至矣!而谓父见髠钳、己遭箠辱，畜憾于武乡而报之于史笔，否乎？然乎？[34]卷九八，712
在此文中，胡应麟开篇就指出，广为流传的陈寿挟恨贬抑诸葛亮的说法是错误的，学者以讹传讹的原因是没有认真研读《三国志》原文。他认为，陈寿在巨大的政治压力下撰写《三国志》，稍有不慎便会遭遇崔浩、蔡邕般的悲剧结局，所以就用委婉的方式书写诸葛亮的军事水平。胡应麟从两个方面阐释了陈寿的方法：第一，《三国志》以简明见长，曹操、刘备等人的传记十分扼要，唯独《诸葛亮传》篇幅长、议论多，体现出陈寿对诸葛亮的重视；第二，虽然《三国志》回避了司马懿与诸葛亮作战时的失败，却引用了司马懿对诸葛亮“天下奇才”的由衷赞叹，通过侧面描写表现了诸葛亮的军事水平。
作出以上解释后，胡应麟仍嫌不足，又援引《三国志》中的其他记载做进一步的论证：
诸葛氏集虽寿所纂修，实奉命晋君者也。……中历叙其逸群之才、英霸之器……则几于王者之事矣。且以武乡素志，进思龙骧虎视，苞括四海；退欲凌厉边疆，震荡宇宙。然则亮之将略，寿以为长乎？为短乎？若夫“应变”数言，其下亟称所与对敌或值人杰，加众寡不侔、攻守异体，连年动众未能有克，盖天命有在，不可力争。其抑扬微旨明寄宣王，寿之本意灼然自暴，岂得以为讥亮所短耶？申言梁益之民追思不置咏《甘棠》于召公，又以周公之诰丁宁烦悉拟武乡之文告，则寿固尊亮以为周、召品流，匪但匹萧亚管而已。乃至篇终“佚道使民，虽劳不怨，生道杀民，虽死不忿”四语也……三代之下惟孟轲氏能道之，诸葛氏能行之，而寿也顾亦能征之、能赞之，则古今之知武乡，寿居其最焉可也。俾当时寿之父子毫有未尽于孔明，胡以叙致丽丽，联篇累牍，极其榆扬而弗能自已哉？惟是后人捃拾此言，而上下全文漠然不考，又往往不省其著作之时、讳避之体，而讥弹一辙，不惟上负前人叙述之素心，而且贻累武乡之盛德。故详为辨析，俟尚论君子衷焉。[34]卷九八，713
胡应麟分析了《三国志》收录的陈寿向晋帝进呈的纂修《诸葛亮集》表文，指出文中称诸葛亮“进思龙骧虎视，苞括四海；退欲凌厉边疆，震荡宇宙”，已经是在褒奖诸葛亮的军事水平。针对前人屡屡批评的“盖应变将略，非其所长欤”，胡应麟认为应结合“所与对敌或值人杰，加众寡不侔、攻守异体”来理解，陈寿看似批评诸葛亮战略水平不佳，但立刻就指出诸葛亮受到客观条件的制约，并借夸耀司马懿暗褒诸葛亮，因此，不善将略的评价并非陈寿的本意。胡应麟认为诸葛亮是三代以来唯一能真正施行仁政之人，而陈寿将诸葛亮比做召公、周公正是为了阐明这一点。基于以上分析，胡应麟指出如果陈寿父子与诸葛亮有隙，陈寿就不会长篇累牍地盛赞诸葛亮，所以陈寿与诸葛亮间不但没有私恨，陈寿更是诸葛亮的最佳赏音，而后人不考察陈寿写书时的社会背景，也不全面分析上下文，却断章取义地抓住一句话不放，实在是有违陈寿褒扬诸葛亮的一片公心。
