在射雕三部曲中，出现了诸多顶级高手，而这些高手无一不是具备各自的神功，但是这些武功并非绝对完美，甚至诸多神功还具备各种缺陷，这直接影响着这些武功威力的呈现。
当然，任何一门武功都不可能是完美的，相比而言，有六门神功威力与缺陷都是很大，这却是让人难以理解的。
第六，先天功
“先天功”是第一次华山论剑五绝之首王重阳的成名武功，王重阳凭借先天功，在第一次华山论剑中一举夺魁，凭借此功他不仅得到了天下第一的称号，还得到了《九阴真经》的官方所有权。但是由于这门武功的两个缺陷，导致了其华而不实的尴尬地位。
第一个缺陷是“先天功”易学难精，入门容易入厅难。像一灯大师修炼过“先天功”，但他仅仅是入门水平。一灯大师武学天赋极高，可是修炼“先天功”也是威力有限。
第二个缺陷就是必须要童子之身修炼，这个条件的苛刻程度近乎《葵花宝典》。王重阳很可能就是这个原因，才辜负了林朝英。由于这两个苛刻的条件，也导致“先天功”过早失传。
第五，闭穴功
“闭穴功”是《神雕侠侣》中的绝情谷主公孙止的家传武艺，可以通过封闭穴道的方式，使敌人无法对自己进行有效攻击。杨过大闹绝情谷时，就在这门武功上吃了大亏。但修炼这门武功的弊端就是饮食绝对不能沾得半点荤腥，所以裘千尺在和公孙止做夫妻时，就曾多次劝说他放弃修炼这门武功。果然在裘千尺重出江湖时，用计给公孙止喝下了血水，导致公孙止的“闭穴功”被破，从而被杨过等人击败。
荤腥是大多数人的必需品，对于广大吃货来说更是生命中不可分割的一部分，如果让人去修炼一门一辈子不能吃肉的武功，估计大多数人都会选择放弃。
第四，玄冥神掌
玄冥神掌是《倚天屠龙记》中百损道人的武功，百损道人被张三丰击败后，此功由他的两个弟子鹤笔翁和鹿杖客继承。此功极具阴寒之力，俞莲舟、杨逍和韦一笑等高手都吃过这门武功的亏。张无忌更是被这门武功折腾的九死一生，以至于让修仙老道张三丰和神医胡青牛都束手无策。
但是此功有个重大弊端，那就是与人对掌时，若对方内力胜于使用者，掌力就会回击入体，若内力不及，就会受其寒毒反噬。由于这个缺陷，玄冥二老与人对战时，从来不敢把武功发挥的最大威力。怕的就是遇到内力高手，而被一掌反杀。因此玄冥二老虽然武功高强，但是与人对战，更多是伤人。为了自身安全起见，二人也只有投身汝阳王府，只在关键时刻出现。同样是阴寒之气，玄冥神掌比韦一笑的寒冰绵掌威力更大，但是实用性却稍弱。
第三，黯然销魂掌
黯然销魂掌是杨过在和小龙女分别的十六年中，结合自己多年的参悟所创的一门至刚至阳的武功。凭借此功杨过和周伯通斗了个平分秋色，和黄药师比试也略占上风。一向天不怕地不服黄老邪，直接承认此武功远胜自己的落英神剑掌，当世只有郭靖的降龙十八掌可以与之匹敌。
襄阳之战杨过凭借此掌，在绝境中实现大反杀，一掌击伤金轮法王。但此掌威力虽然大，却学无可学。杨过在经历了和小龙女分别十六年后，结合自己一生悲惨的经历，创出这套掌法，可见这套掌法融入了杨过最悲伤的情绪，这是别人所无法模仿的。
这套掌法虽然刚猛，但是没有杨过这种悲惨的经历，就算是黄衫女这种天赋异禀之人，也是学无可学。即使是杨过本人，在和小龙女重逢之后，也很难将此功发挥到淋漓尽致。黯然销魂掌特殊的修炼条件，也就注定了这门武功终究会失传的命运。
第二，龙象般若功
龙象波若功是金轮法王的招牌武功，也是足以和降龙十八掌、黯然销魂掌分庭抗礼的至刚的武功。但是这门武功的缺陷，却比那两门武功大的多。
龙象波若功一共十三层，修炼第一层需要一到两年，第二层需要二到四年，第三层需要四到八年而后依次递增。而且第九层和第十层又是一个关键的瓶颈，修炼不好很容易走火入魔。想要把这门武功修炼到一定境界，需要有千年的寿命作为基础。金轮法王修炼到第十层，已经是前无古人后无来者了。