但在这两派势力展开争斗的过程中，孝明天皇的立场也有一个变化发展的过程。起初，天皇作为一个坚定的攘夷派，站在了“尊王攘夷”势力的一边。他对幕府的软弱无能、委曲求全并与外国缔约十分不满，甚至拒绝批准幕府与西方列强签订的条约。
但后来，当“尊王攘夷”势力将斗争的矛头对准幕府后，孝明天皇的政治态度发生了变化。他一是慑服于幕府的强大，二是要维持天皇的权威以及经济上的来源。此时的他反对打倒幕府，主张维护现有体制，同时不赞成改变当时天皇所处的地位。
孝明天皇态度的变化，使得已处于风雨飘摇中的幕府获得了喘息的机会，并且在与“尊王攘夷”势力的武力较量中一度占据了优势。但此时的倒幕势力已决心控制天皇，打倒幕府，挟天子以令诸侯。
但在1864年，德川幕府先后发动了两次对倒幕派的征讨，结果都以失败而告终。“尊王倒幕”势力东山再起，发起了对幕府新一轮的攻击。面对这种情形，德川幕府以退为进，于3年后向孝明天皇提出了“大政奉还”的要求，也就是说要将国家统治权力送还天皇。
但这只是幕府所玩的一种伎俩，换汤不换药，名义上将统治权交给天皇。实际上仍由幕府掌握实权，目的是维护摇摇欲坠的幕府统抬。这样倒幕派便失去了出师的名义，陷入了被动地位。幕府以为这样万事大吉了，不料正在这时，事情发生了逆转。1867年12月，孝明天皇暴死，支撑德川幕府的台柱倒了，德川幕府的统治便难以为继了。
孝明天皇之死是近代天皇史上最大的谜案之一。刚开始，孝明天皇患了感冒，感到不舒服，但在宫廷神社做例行的宗教仪式，他还是坚持了下来。之后，他就开始高烧、咳嗽、呕吐，神志不清，身上出现脓疱，这些都是典型的出天花的症状。在御医们的精心治疗下，天皇的身体开始康服，已能开始进食睡眠了，脓疱处开始干燥。所有的迹象都表明，天皇的身体正在朝着好的方向发展。但正是在这种情况下，孝明天皇突然死去了。
据说，孝明天皇去世那一天，他身边除了侍女以外，别无他人。当天皇感到不舒服让侍女叫御医的时候，但不知什么原因，10多个御医一个都不在。接下来，天皇便开始呕吐，他呼吸困难，并且开始便血。黄昏时分，孝明天皇进入昏迷状态。深夜，御医们终于出现了，但这时的天皇已脉搏全无，四肢冰凉。
尽管日本官方文献上写的孝明天皇系出天花而死，但社会上广泛流传的看法是孝明天皇是在天花被治愈后被毒杀的。更有甚者，有学者通过研究宫廷日记指出，投毒是没有疑义的。并且凶手之一便是倒幕派首领之一岩仓具视，他的目的是要排除这一倒幕斗争中的最大障碍。
