秦琼在隋唐后期确实是一员猛将。他带领瓦岗兄弟投奔秦王李世民，为李壮大了夺取天下的力量，秦琼本人也为唐朝的建立立下了汉马功劳，以至唐高祖直叫秦琼恩公，官封护国公(胡国公)一字并肩王天下兵马大元帅，李世民称秦琼为秦王兄。那么，作为李世民手下第一猛将的秦琼，为什么排在凌烟阁二十四元勋最后呢？
首先一点就是玄武门之变表现不积极，秦琼与李绩、李靖等人不愿意搅入到这场为夺帝位的骨肉相争当中。对于李世民与太子建成的帝位之争采取了严守中立的态度，不做任何政治投机，诛杀太子李建成表现失常。试问这种部下有哪个领导喜欢的。所以此时秦琼在李世民映像里很不好，认为秦琼不赞同自己的做法。
其次，也很重要的一点就是，秦琼是李渊的爱将重臣。秦琼投唐以后非常受李渊器重，各种赏赐待遇不断。所以秦琼既是李世民手下，又是李渊爱将，更是武德年间重臣，双重身份在贞观后也比较尴尬。是的，李渊的心腹并不受太宗皇帝待见。论功劳，裴寂，刘文静，陈叔达，萧瑀等人，都是武德重臣，也是开唐功臣，可是除了萧瑀幸运，其他人都没机会上凌烟阁。所以凌烟阁并不是开唐功臣表，而是贞观功臣。
最后，除了“玄武门兵变”中的不积极，还有一个原因是因为秦琼太过自负。秦琼晚年因历次作战负伤太多而疾病缠身，常对人说：“吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？”后来这话传到了李世民耳朵里，李世民将这话当成了邀功的意思，从而引起了李世民的不悦。最终，多种原因促使秦叔宝排在了《凌烟阁二十四功臣》的末尾。
世民在凌烟阁画像的时候，能够想的起秦琼，完全是他前期的功劳和战功而言，但是站在李世民的角度而言，他的重要性也是最低的，所以秦琼能够进入凌烟阁已然是凭借前期的战功了，想要排名靠前，确实是不可能的了。