汉武帝刘彻壮年时期文治武功，带领汉朝开疆扩土，奠定了强汉的局面，然而汉武帝的穷兵黩武也带给国家非常大的负担。在这一点上，太子刘据就非常反对，主张汉朝应该休养生息，不要再连年征战了。
政见上的不和让汉武帝与太子之间产生了间隙，而这个间隙，就让有心之人加以利用。最终，酿成牵连40万人的惨祸！
丞相公孙贺有一个儿子叫做公孙敬声，此人是一个典型的纨绔子弟，围观期间私自挪用军费。后来事情败露，被捕入狱。此刻有一个名叫朱安世的人，他因为在皇城使用暴力触犯法律，汉武帝就亲自下令通缉他。丞相公孙贺为了给儿子赎罪，就主动找上汉武帝，希望让他逮捕朱安世，以立功的形式给儿子减轻罪责。武帝应允。
公孙贺果然不负所望，很快就捉住了朱安世。然而朱安世却在狱中写了一封信，要交给汉武帝，信上说公孙贺的儿子公孙敬声与武帝女儿阳石公主私通，且在皇帝专用驰道上埋藏木人以诅咒皇帝等事件。武帝得知这件事后大怒，下令追查此事，公孙贺被捕入狱，公孙氏遭到灭族。受牵连被杀的还有阳石公主和皇后卫子夫所生的另一个女儿诸邑公主以及卫青的长子卫伉。
按照常理而言，朱安世这么一个小人物，他在狱写了一封信就能传给汉武帝？并且埋藏诅咒木偶以及公孙敬声与武帝女儿阳石公主私通这种极度隐蔽之事，他怎么能得知？这其中绝对有人刻意安排。而这个人也必定是太子的敌对势力，因为这些被处死的人都是太子的支持者，这种事在各个朝代都不少见。
恰巧这个时候汉武帝做了一个奇怪的梦，梦见有人袭击他，醒来之后就觉得浑身不舒服，精神恍惚。
汉武帝的这个状态被江充捕捉到。由于他与太子刘据发生过冲突，担心日后太子登基自己将不会有好下场，于是就准备扳倒太子。他就对汉武帝说，此病是因为有巫术作祟，乃是有人诅咒陛下。
汉武帝就让江充彻查此事。
江充并未直接向太子刘据动手，而是以调查为名，四处排除异己，其攻击对象几乎都是太子的人。这些人都直接被江充捉拿，并在狱中严刑逼供，强迫他们认罪，有近万人因此而死，这让汉武帝对于巫蛊越发忌惮反感。
到了这一步，江充就越发无法无天，就开始对太子宫搜查。并扬言道：“在太子宫中找出的木头人最多，还有写在丝帛上的文字，内容大逆不道，应当奏闻陛下。”
这让刘据非常害怕，本想进宫觐见汉武帝。但此刻汉武帝病重，负责守门的人也都是江充的手下，刘据无法见到汉武帝。因此，在江允的步步紧逼之下，刘据忍无可忍，最终起兵将把江允杀死，随后逃出长安。
然而这件事却被太子的敌对势力大做文章，称太子谋反，最终汉武帝派兵四处寻找刘据。此刻刘据才知道他起兵这一决定多么错误，悲愤之下自尽而亡，太子的生母卫皇后得知消息后也毅然自尽。
不过事后汉武帝觉得这件事的疑点越来越多，他亲自调查往日里因为巫蛊害人的罪项，发现多有不实。在经过多项调查之后，终于明白了太子刘据起兵只是被逼迫，才杀死的江允。
幡然悔悟的汉武帝大怒，他恨江允的公报私仇，更恨太子的敌对势力利用此事挑拨父子关系，最终导致太子冤死。
帝王一怒，伏尸百万，流血千里！
首先江允的三族被杀；平定 “巫蛊之祸”立功封侯的御史大夫秺侯商丘成、 重合侯莽通、等人也一个个被处死；追杀太子刘据的李寿、张富昌等人全部被灭族；曾参与镇压太子的马通被株连三族；而朝中太子的敌对势力，也被全部清算。
这场巫蛊之祸是汉朝的一次重大政治事件，前后有40多万人被杀！这就使得西汉政局中人才凋零，为后来的霍光专权埋下伏笔。有很多史学家将“巫蛊之祸”定为西汉由盛变衰的转折点。